1 ноября в Москве был подписан новый договор. Д. Бантыш-Каменский приводит «Московские статьи»:

1. Малороссия, для охранения в ней должного порядка, прежними гетманами нарушенного, имеет поступить в совершенное подданство Его Царского Пресветлого Величества, и с тамошних жителей, кроме казаков, собираемы будут в казну всякие доходы.

2. Гетману и старшинам малороссийским судить и наказывать казаков по прежним войсковым правам и обычаям, а российским начальным людям в их расправу не вступаться.

3. Каждый новоизбираемый из Запорожского войска гетман обязан являться в Москву для получения гетманских клейнод. Гадячу с принадлежностями состоять при гетманской булаве.

4. В Киеве, для большей верности, быть российскому митрополиту. О сей статье государь хотел писать к цареградскому патриарху.

5. Воеводам российским, имеющим находиться с войсками в Киеве, Переяславле, Чернигове, Нежине, Полтаве и других городах, по требованию гетманскому и полковников, вспомоществовать им ратными людьми, без всяких отговорок.

6. Сверх Лохвицы состоять при войсковой армате городу Ромнам с принадлежностями,

7. Государевым ратным людям запрещается давать фальшивую монету малороссиянам.

8. Также строго возбраняется им называть изменниками казаков.

9. Гетману, без воли государевой, с чужими землями не ссылаться.

10. На право Магдебургское последует от государя выдача жалованной грамоты, согласно их преимуществам.

Выгодна была для Брюховецкого поездка в Москву, но в Малороссии ожидала его ненависть народа, который не мог простить своему повелителю сделанного им и Украине значительного переворота.

В украинские города вошли московские войска, содержание которых падало на население. Начались споры и недоразумения между воеводами и полковниками, конфликты солдат с мещанами и крестьянами. Приехали московские переписчики, установившие невиданные на Украине налоги. Начались народные волнения, восстания против старшин и воевод. Недовольно было и духовенство, категорически отказавшееся принимать московского митрополита. Левобережье еле терпело И. Брюховецкого.

На Правобережье П. Дорошенко укреплял свою власть. Часто собираются казацкие рады, где участвуют все казаки, от рядовых до старшин. Дорошенко создал двадцатитысячное наемное войско — сердюков, которые подчинялись только ему. Во время восстания против короля в Польше в 1666 году Дорошенко с помощью татар разбил польское войско Маховского у Брацлава. Польские историки сравнивали этот разгром с разгромом польской армии под Желтыми Водами. Дорошенко сошелся с поляками в Галичине, но татары договорились со шляхтой.

В 1667 году Москва и Польша заключили в селе Андрусово перемирие до 1700 года, по которому Левобережье, Северская земля и Смоленск отходили к Москве, Правобережье — к Польше; Запорожская Сечь попадала под протекторат обеих держав. Известие об этом мире, на котором не было украинских представителей, вызвало восстание на Украине.

В феврале 1668 года в столице гетмана — Гадяче и вдругих левобережных городах казаки потребовали выхода московских гарнизонов, что и было осуществлено. И. Брюховецкий издал универсал, в котором говорилось об уходе «от московской руки» в Связи с тем, что Москва и Польша «решили Украину, отчизну нашу милую, разрушить, опустошить и в ничто обратить». Но время И. Брюховецкого закончилось.

На Правобережье тоже правила Рада, на которой было решено не признавать власть Польши и Москвы, а подчиниться Турции, с чем она была полностью согласна. Дорошенко переправился через Днепр и пошел на Брюховецкого. Казаки Левобережья переходили к Дорошенко. Оба войска сошлись на Полтавщине, у города Опошни.

Старшина поддержала Дорошенко, на Брюховецкого бросились казаки с криком, что из-за него дошло до кровопролития. Брюховецкого привели в лагерь Дорошенко, где и убили. П. Дорошенко провозгласили гетманом всей Украины. Но ненадолго. На Украину вошли польские и московские войска. П. Дорошенко вернулся на Правобережье, а на левом берегу Днепра вместо него остался черниговский полковник Демьян Многогрешный, назначенный наказным атаманом.

Против Дорошенко выступили запорожцы, выставив своего претендента на гетманство Петра Суховея, которого признали крымские татары. После Суховея Дорошенко долго боролся с признанным Польшей гетманом М. Ханенко. Ему было не до Левобережья. К нему на помощь шли турки. Началась долгая война Правобережья и Польши.

«После отъезда Дорошенко в Чигирин Ромодановский с московским войском опять вступил в Северщину — писал М. Грушевский,— все, что тяготело к Москве или боялось сопротивляться ей, стало склоняться на его сторону. От Дорошенко не было помощи, и Многогрешный, выждав еще некоторое время, в конце концов известил Ромодановского о своем согласии и был избран гетманом на раде старшин, решено было признать власть московского государя, но обеспечить при этом украинскую автономию! Все это были хорошие слова, но поздно было говорить их, уже поддавшись. Можно было торговаться с Москвой, держась заодно с Дорошенко. Теперь же московские политики, убедившись в возможности добиться уступок, ничего уже не хотели выпускать и начали тянуть, пока не поставили на своем».

Д. Многогрешный перешел на сторону Москвы и в 1669 году в Глухове был избран гетманом Левобережья и подписал с Москвой «Глуховские статьи»:

«Его Величество не только прощает все измены малороссийского народа, но предает их вечному забвению, обещает впредь содержать малороссиян в царском своем призрении и милости.

Подтверждает пожалованные им при гетмане Богдане Хмельницком права и вольности.

Воеводам и ратным людям для обороны от неприятеля быть только в Киеве, Переяславле, Нежине, Чернигове и Острее, с тем, чтобы они не мешались в малороссийские дела. Доходы собирать в казну малороссиянам, как было при Богдане Хмельницком.