Баумана заключили в крепость 22 марта (3 апреля) 1897 года. Долгие месяцы он не знал, какая участь постигла его друзей, куда отвезли Сущинских. Надзиратели крепости принимали все меры к тому, чтобы узник оказался полностью изолированным от внешнего мира. Более года Бауман не знал, что В. Г. Сущинский также заключен в Петропавловскую крепость, но в одиночку в другом коридоре, а М. Г. и П. Г. Сущинские помещены в Дом предварительного заключения. На все вопросы Баумана надзиратели отмалчивались, стараясь поскорее поставить скудную еду на привинченный к стене и полу камеры узенький столик.

Следователь также не торопился с допросом. Жандармы решили хорошенько донять узника полной изоляцией, полным одиночеством. Они по опыту знали, какое разрушающее действие на психику человека оказывает длительное одиночное заключение. На первых порах Бауману пришлось очень тяжело. Он, как врач, понимал, что необходимо мобилизовать все силы, всю волю для преодоления тяжелых условий крепостного заключения. И узник одиночки № 56 вступает в борьбу со страшным врагом — одиночеством.

Прежде всего Бауман старается поддержать бодрость духа ежедневной, систематической гимнастикой. Наблюдавшие в «глазок» смотрители с удивлением замечали, что едва забрезжит рассвет — Бауман быстро поднимается с постели и, поеживаясь от холода, приступает к гимнастике. Вечером, перед сном, он также неизменно и аккуратно проделывал разнообразные Приседания, прыжки и даже обход камеры «гусиным шагом». Затем он переходил на нормальный шаг и отправлялся в «очередную длительную прогулку». Да, узник камеры № 56 ввел в режим своего дня и прогулки. По диагонали камеры можно было сделать всего лишь шесть-семь небольших шагов, то-есть около трех метров, но тысячекратное «путешествие» из угла в угол и обратно давало шесть тысяч метров, или уже шесть километров. И, систематически расхаживая перед обедом, а затем и перед вечером по узкой, мрачной камере, Бауман вспоминал прогулки по заволжским лугам и полям, купанье за Услоном, плоты и беляны на широкой водной дороге красавицы Волги…

Пока что приходилось заменять волжские просторы тусклым, туманным полумраком решетчатого окошка… Но гулять, хотя бы и заставляя себя, необходимо. Бауман, как врач, более всего опасался цынги и малокровия — этих частых и страшных спутников одиночного крепостного режима. Регулярные же «прогулки» восстанавливали кровообращение, уменьшали головные боли. Поэтому Бауман, в каком бы он настроении духа ни находился ежедневно «гулял» по нескольку /километров под низкими и промозглыми сводами своего каземата. Тяжелее всего было узникам в вечерние и бесконечно медленно тянувшиеся ночные часы, когда, казалось, все огромное здание крепости замирало и цепенело… Надзиратели бесшумно, в специальных войлочных туфлях, скользили по коридорам, бесшумно поворачивали круглую задвижку «глазка» и, убедившись в безмолвном сидении узников, так же бесшумно исчезали в полумраке длинных, узких коридоров. Электрические лампочки, заменившие в камерах керосиновые лампы вскоре после трагической смерти Марии Ветровой{А. С. Шаповалов вспоминает: «Однажды к вечеру я был поражен необыкновенным шумом и беготней по коридорам… Слышались торопливые выкрики, глохнувшие в тюремных коридорах. Все это было необычайно для Петропавловской крепости, где в камерах и коридорах царствовала могильная тишина. «Что-то произошло особенное», — думал я. Уже позднее… я узнал, что в то время сожгла себя, облив керосином, заключенная Ветрова. Она покончила с собой не первая: история Петропавловской крепости насчитывает много случаев самоубийств заключенных… На воле ходили слухи, что Ветрова была изнасилована в тюрьме. По поводу ее смерти петербургским студенчеством была устроена демонстрация протеста на улицах Петербурга» ( А. С. Шаповалов.В борьбе за социализм. М., 1934, стр. 168). Это произошло в феврале 1897 года.}, были полуприкрыты колпачками. Читать можно было с трудом, и многие узники крепости уже через год безнадежно расстраивали свое зрение. Да и что читать?

Бауман в первые же дни своего заключения справился о книгах крепостной библиотеки. Увы, их выбор был более чем ограничен, вернее, подобран со специальной целью «смирить и ввести в христианское русло мировоззрение противоборствующей молодежи». Старые журналы, среди которых видное место занимали духовные журналы, еще более старые книги, главным образом по географии, — вот и вся «духовная пища» заключенного Петропавловской крепости.

Но пользование хотя бы и этими, крайне тенденциозно подобранными «душеспасительными» книгами имело для узников-одиночек большое значение: еле заметными, почти невидимыми точками над некоторыми словами в определенных страницах заключенные умудрялись сообщать своим товарищам по камерам, кто и когда посажен в крепость. В корешках книг, несмотря на тщательные осмотры надзирателей, иногда удавалось переслать товарищу по заточению пару дружеских слов, написанных на микроскопическом клочке бумаги.

Бауман изобретал различные способы, чтобы завязать переписку или хотя бы перестукиванием узнать что-либо о своих соседях по камере. Еще в подпольных рабочих кружках Бауман освоился с «техникой телеграфа» — условным стуком в стену. Первый удар обозначал ряд буквы, а затем после небольшой паузы следовали удары, обозначавшие место нужной буквы в этом ряду. Рядов было четыре, а в каждом ряду — шесть букв. Так свою фамилию Бауман передавал соседу стуком: один — пауза — два; один — пауза — один; четыре — пауза — один и так далее. Более всего приходилось трудиться над передачей буквы «м»: два удара — пауза — шесть ударов. При «телеграфном перестуке» все «ненужные» буквы алфавита, вроде й, ь, ъ, отбрасывались.

Не всегда удавалось довести перестук до желаемого ответа: зачастую стук обрывался на половине, дверь камеры распахивалась, и на пороге появлялись надзиратели или даже комендант крепости. Начинались угрозы лишить письменных принадлежностей, отобрать все книги, перевести в темный карцер…

Вот один из любопытных документов, отразивший условия жизни узника камеры № 56:

«Его превосходительству

С. Э. Зволянскому,

директору департамента полиции

Во время содержания в крепости Николай Бауман за то, что стучал в соседние камеры, был посажен, по приказанию моему, на сутки в темный карцер и переведен в другую камеру. Взыскание это мало на него подействовало. Пользуясь разрешением иметь письменные принадлежности, оборвал поле книги, написал на нем в соседний номер (Акимова) записку, заложил написанное в корешок книги и посредством стука сообщил, какую книгу следует потребовать из библиотеки, чтобы найти там написанное. Вследствие принятых мер книга не была выдана и написанное по назначению не дошло. За подобный проступок арестованный Бауман, по приказанию моему, совершенно уединен и лишен права иметь письменные принадлежности».

Далее комендант крепости А. Эллис доводит до сведения директора департамента свое заключение, что «Бауман по поведению своему недостоин того, чтобы ему была оказана особая милость свиданий с двоюродной сестрой Мякотиной».

Мало того, Эллис просит предоставить ему, как коменданту крепости, право «не разрешать свиданий с Бауманом ввиду его неодобрительного поведения».

«Неодобрительное поведение» Баумана особенно сильно проявилось при его допросах в крепости жандармами и прокуратурой Петербургского окружного суда. Жандармы надеялись сломить упорство и волю своего узника.

Но расчеты жандармерии и царской прокуратуры провалились целиком. Длительное одиночное заключение в жутких казематах Петропавловской крепости несколько надломило физические силы Баумана, но тюрьма еще более закалила его дух. Несмотря на все ухищрения следователя и прокурора, им так и не удалось вынудить у него нужного им признания. Член «Союза борьбы» и в условиях крепостного одиночного заключения оставался непреклонен и непоколебим.

Допросы вели опытные в своем деле подполковник жандармского корпуса Ковалевский и товарищ прокурора Петербургского окружного суда Утин.